Il principio fisico su cui poggia la TMS è la Legge di Faraday, la legge dell'induzione elettromagnetica. Delle diverse tipologie di TMS, quella a impulso ripetuto (rTMS) è oggi la più diffusa, e può essere applicata in “conventional” o in “patterned” (5). La prima consiste in una stimolazione ripetuta a intervalli regolari (“treni” di stimolazione) con una frequenza che va da 1 a 20 o più Hz , applicata nello stesso punto dello scalpo. Nella tipologia “patterned” la stimolazione è invece intervallata da brevi pause.
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